В общих настройках Joomla настраивается срок кэширования, по истечению которого кэш обновляется, т.е. удаляется старый кэш и создаётся новый. Вручную чистить кэш не нужно. Новые материалы, добавленные на сайт, появятся автоматически после обновления кэша.