Сортируйте их в корзине, в бд запишет нужным порядком:
function sort_cart_sku() {
    $in_cart = array();
    foreach ( WC()->cart->get_cart_contents() as $key => $item ) {
        $in_cart[ $key ] = $item['data']->get_sku();
    }
    natsort( $in_cart );
    $cart_items = array();
    foreach ( $in_cart as $cart_key => $product_title ) {
        $cart_items[ $cart_key ] = WC()->cart->cart_contents[ $cart_key ];
    }
    WC()->cart->cart_contents = $cart_items;
}
add_action( 'woocommerce_cart_loaded_from_session',  'sort_cart_sku' );
* работать конечно же будет только для новых заказов)