Всегда организовываю структуру так, чтобы интерфейсы лежали в нужной подсистеме. Т.е. максимально близко к реализации.
Например:
Mapper/MapperInterface (Можно и без постфикса Interface, тут дело вкуса)
Mapper/MapperImplementation1
Mapper/MapperBlaBlaBla2
