С командной строкой не разобрался.
Решил проблему следующим образом - скачал программу PhotoScape, там есть такая функция как "комбинация". Все 100 фотографий она проглотить не смогла, поэтому я скармливал ей где-то по 15-20 фото за раз. У меня получилось несколько панорамных снимков. Потом я открыл фотошоп, и уже в нём эти их составил друг за дружкой.
