Все зависит от того, что предполагается давать пользователю в управление. Если сервис таков, что юзер никогда-никогда не должен получать доступ к базе, то тогда можно в одном наборе таблиц. Хотя разные БД будут проще в администрировании и на порядок безопаснее (вдруг где-то забудете сделать WHERE по id магазина). Если между магазами не будет общих данных, тогда преимуществ от использования одной базы ИМХО практически нет.
