Eclipse пытается найти необходимые файлы в Users/%USERNAME%/android-sdk/, однако 16-я версия по умолчанию ставится в Program files. Из-за этого невозможно создать проект под Android.
Где можно изменить дефолтный путь к SDK?
15-я версия устанавливалась в Users/%USERNAME%/android-sdk/, но видимо плагины для Eclipse не успели обновить.
В настройках устанавливается путь. Скорее всего он не плагины не обновил, а в настройках просто старый пункт остался.
Изменить можно здесь:
Windows -> Preferences -> Android, пункт SDK Location
Кроме того, а зачем новый SDK выкачивать? Всегда обновлял установленный (через SDK Manager).