возможно, с помощью gdb. Я пробовал плагин под эклипс. Но удобство отладки совсем ужасное. Поэтому в VirtualBox поставил XP с AVRStudio, где отладка проходит на много лучше. А для "железной" отладки уже с более привязанными данными уже к самой схеме намного лучше использовать Proteus.
