backup format restore, используя livecd или консоль восстановления (лучше удобный livecd)
у тебя на выбор lvm, mdadm (рейд 0 - stripe), btrfs/zfs
делать резервную копию временно на новый диск, затем выбираешь любой инструмент (в зависимости от выбора будут требования по разбивке дисков), форматируешь раздел, восстанавливаешь и расширяешь диск.
самое простое использовать btrfs, это файловая система поддерживает онлайн из коробки и добавление/удаление дисков и расширение разделов, в т.ч. raid всех уровней, сжатие на лету, дедупликация (инструменты кстати пока еще не из коробки), бесплатные снапшоты и прочее прочее, поддерживается grub (т.е. не нужно делать /boot раздел) и т.п. (к сожалению efi раздел для secureboot или biosboot для legacy на gpt все еще нужны)
т.е. длелаешь копию на втором диске, затем форматируешь раздел на старом как btrfs, копируешь обратно, добавляешь к первому диску второй раздел команда
btrfs device add /dev/sda1 /dev/sdb1
затем обновляешь grub
grub-install /dev/sda --root-directory=/path/to/mounted/root
p.s. кстати в linux файловые системы можно разворачивать прямо на диске, без создания разделов (но тогда нужен /boot где то разворачивать)
