Например тут:
https://en.wikipedia.org/wiki/Directory_structure
Встречал похожий более подробный документ где-то на сайте микрософта, но сейчас не нашел.
Если кратко:
1.программу ставить в "Program Files" в соответствии с платформой. Внутренняя структура исполняемых файлов и библиотек - на ваше усмотрение. Если вы используете кучу динамических библиотек, то есть смысл разнести их по подкаталогам. Если у вам только небольшая кучка - могут лежать в одном каталоге. Это на самом деле не важно и никому не интересно.
2.Общие настройки программы, которые распространяются на всех пользователей: в реестр в HKLM и/или в ProgramData.
3.Пользовательские настройки программы: в реестр в HKCU и/или в AppData.
4.Пользовательские временные файлы: в %TEMP%
5.Файлы проектов или сохранения: в %USERPROFILE%\Documents
