Vechnyy, Это потому что у вас массив двумерный, а я для одномерного привел. Подумайте, как можно пройтись по двумерному массиву? Или, может, превратить его в одномерный и потом назад?
Vechnyy, Трехмерный, да. Я запутался. Посмотрите в сторону Numpy.reshape().
Ну, или вместо list comprehension делайте 3 цикла и append. Или 3 цикла по координатам и заменяйте каждый элемент отдельно, но это не очень по-питонски.
