Работает. Но поскольку в момент инициализации всплывающее окно скрыто, то размеры получаются нулевыми. Плагин слушает изменение размеров окна, чтобы поддерживать размеры контейнера и содержимого в актуальном состоянии, так что добавьте в настройки magnificPopup'а:
callbacks: {
open() {
$(window).trigger('resize');
},
},
