Вам поможет array_map, чтобы применить определенное действие к каждому элементу массива, и preg_replace с простенькой регуляркой, который удалит все whitespace-символы.
<?php
// Входящие данные
$values = [2500, '2 999'];
// Очистка от пробелов
$values = array_map(static function($value) {
return preg_replace('/\s/', '', $value);
}, $values);
// Запрос
$recent2 = new WP_Query(
[
'showposts' => 100, // Не используйте -1, используйте достаточно большое для ваших задач число
'meta_query' => [
[
'key' => 'cena', // Не называйте данные транслитом, используйтe price
'value' => $values,
'compare' => 'BETWEEN'
]
]
]
);
