Движок в общем то может обрабатывать 3 уровень сам. Если нет такого пользователя, то выводится дефолтный сайт. База одна на всех.
Отдельный случай это разные виртуальные хостинги. Там обычно копируется конфиг сервера, с помощью регекспа переписываются пути, заводится системный пользователь, создается база sql.
