Во-первых, у AVI есть жесткое ограничение: кадры должны следовать со строго определенной частотой, которая прописана в заголовке. MPEG-потоки, в частности H264 и MPEG2, в которых хранятся HD-фильмы, в общем случае этому требованию не соответствуют. В каждом кадре прописано время, в которое этот кадр должен появиться, и оно может быть произвольным в общем случае.

Существуют кодеки, которые позволяют хранить видео в формате H264 в контейнере AVI, но это "грязный хак", как некоторые это любят называть

Во-вторых, в AVI нет такого понятия, как пропорции пиксела, т.е. считается, что пиксел всегда квадратный. В общем случае это тоже не так. Например, видео с HDV-камеры имеет размер кадра 1440х1080, а показывать его нужно как 1920х1080. В AVI-файле просто негде прописать признак того, что картинку нужно при воспроизведении растягивать.

Да и потом, много ли пользователей которым на самом деле нужны еще 3 языка в фильме или субтитры на 5 языках?
Спросите об этом тех, кто делает эти самые HD-рипы и кладет по несколько дорожек в MKV-файл. Они же никого не спрашивают, а считают, что это кому-то нужно. А потом вы вопросы про это задаете

Самое непонятное, что в сети куча вопросов типа "Как конвертнуть MKV в AVI"
Самое непонятное, что это кому-то вообще нужно. Хотя нужно всего лишь поставить пару кодеков и сплиттер для контейнера MKV. Людям, наверное, свое время девать некуда, вот они и перекодируют то, что уже один раз бюло перекодировано.

Правда, есть и такой вариант: у кого-то комп "не тянет" видео разрешения 1920х1080. Тогда да, его нужно перекодировать, если не хочется комп апгрейдить. Но зачем при этом класть именно в AVI, а не в тот же MKV, я не знаю. Вроде бы VirtualDubMod позволяет в MKV результат сохранить.

Есть еще такой вариант: нужно фильм пересжать в разрешение 720x576 и сжать кодеком DivX/XviD, чтобы потом это видео на бытовом DVD-плейере можно было посмотреть. Они понимают только AVI, стандартный DVD-диск либо MPEG2 стандартного разрешения (720х576/720x480), потому приходится пересжимать HD-видео. Кстати, картинка при этом все равно получается более детализированная, чем у просто DVD-диска, который изначально снимался в SD-разрешении.

VirtualDubMod нормально не работает и давно заброшен
Не совсем он заточен под MKV и MPEG-видео, т.к. он изначально для работы с AVI предназначался - см. выше про ограничение на частоту кадров. Потому, видимо, и глючит иногда, если в нем MKV открыть.