В контексте последнего уточнения «Взял структуру с «быстрой» базы и развернул туда данные с медленной — так же медленно выполняется запрос.» — может посмотреть планы запросов в быстрой базе при оригинальных и при «медленных» данных? Они у Postgres-а могут меняться в зависимости от реальных данных и накопленной статистики.