Согласен с foxmuldercp, замечу только, что если вопрос только в разделении настроек php (включая модули), то можно обойтись и без виртуализации вообще.
Все равно на каждую вирт.машину понадобится отдельный ип — можно на этот ип поцепить отдельно скомпилированный апач+пхп+остальное. Отдельно скомпилированный — в смысле в свою личную изолированную директорию (./configure --prefix=path ..), со своими модулями и личными .ini/.conf файлами.
Такой вариант самый экономный в плане серверных ресурсов, управление тоже не сложнее управления отдельными виртуалками. Плюс есть возможность простого расшаривания файловых ресурсов, т.к. работают симлинки и хардлинки на весь сервер, а не только в пределах виртуалки.