Андрей Зубков

lsof -i | grep Vasya

Лучше вообще не запускать в screen, а использовать специальные средства для демонизации. systemd или supervisord
Вот конфиг для supervisord

[program:servervasya]
directory = путь до приложения
command =  java -XX:MaxPermSize=128M -Xincgc -Xmn380m -Xmx1000M -Xms100M -jar spigot.jar
user = vasya
stdout_logfile = /var/log/servervasya_supervisor.log
redirect_stderr = true 
environment=LANG=en_US.UTF-8,LC_ALL=en_US.UTF-8

Nginx'u нужны права только на чтение, поэтому посмотрите какие права на папку стоят. Должно быть что то типо drwxr-xr-x (755)