Отвечу на часть вопросов:
1) Если для установки потребуется удаление другого пакета - apt вас об этом спросит (если в пакете явно указано наличие конфликта с другим пакетом)
2) Искать пакеты по репозиторию можно через apt-cache search <имя пакета>
Если команда apt-get upgrade выполняется с ошибкой - значит у вас есть неудовлетворенные зависимости в пакетах.