В случае bootRun в консоли IDEA (да и в любой другой консоли) так и будет крутиться bootRun на 80% (условно). Вы же запускаете приложение этой командой, вот оно и запускается, и работает, до тех пор пока Вы сами его не остановите, либо пока в программе не произойдет критической ошибки, при которой произойдет завершение программы. Как правило для сборки (именно сборки) приложения SpringBoot используют таски bootJar/bootWar. Уверяю Вас, они конечны, и работают достаточно шустро.