Ответ касается Drupal 7.
Если говорить про модуль Profile2, то uid там хранится в таблице profile столбец uid.
cgit.drupalcode.org/profile2/tree/profile2.install
А если вопрос о том как связан uid и entity_id, то связь происходит через таблицу конкретной сущности.
Вот например у сущности ноды в таблице
node.uid
cgit.drupalcode.org/drupal/tree/modules/node/node....
В свою очередь user это тоже сущность.
Поля (field) привязаны к сущностям. Поэтому в случае с нодами field -> node -> uid.
Собственно хочу разобраться не только с API, а и тем, как хранятся данные.
Открываешь конкретный модуль и смотришь module.install, там обычно описывается структура таблиц в формате schema api.
