полностью отключить можно сняв галочку с 'emoticons' По русски смотрите в настройка - Сообщения, чат или как-то так - галочка на показывать emoticons. там поймете как по-русски. По идее на стороне вашего собеседника не должно заменятся проверьте.
Доброе.
Скачиваем с сайта skype.com "Ubuntu 12.04 (Multiarch)". Устанавливаем и все работает. У меня работает.
Он есть и в центре приложений, правда старая версия skype 4.2.0.11.
