Ну так модикс на то и называется почти-Фреймворк )) что в нем можно писать пхп - создаем сниппет или плагин и погнали там все на пхп писать. Единственное, что стоит обязательно учесть: с данными нужно работать через xPDO (а еще лучше просто PDO), а не с помощью mysqli как в голом пхп.