Если вам необходим более быстрый алгоритм поиска подстрок (ну и как следствие — сравнение строк), вы можете попробовать PHP расширение, написанное на C —
Fast String Search. В неё используется алгоритм Комменца-Вальтера по аналогии с автоматом Ахо-Корасик, является модификацией алгоритма БМ для множества паттернов.
Может быть такой вариант вам подойдёт. Если же нет — пишите в личку, у меня где-то было исчерпывающее руководство по созданию Hello World расширения для PHP на C, с созданием своей функции, в которую можно впихнуть ваш алгоритм.
