используйте mod_alias:
Alias /filemanager/ "/usr/share/filemanager/"
и туда положить сам скрипт.
физически это будет одна копия, но ни прав на запись, ни ftp-доступа у пользователей к ней не будет.
права апача будут ставиться какие надо, в зависимости от хоста.