Транзакции в MySQL используются для того же, для чего и в любой другой БД.
Классический пример - перевод денег с одного счёта на другой.
Если делать это без транзакции, то может произойти ситуация, когда деньги со счёта отправителя спишутся (первый запрос выполнится), а на счёт получателя не зачислятся (второй вопрос по каким-то причинам не выполнится).
Транзакция гарантирует что либо оба запроса будут выполнены, либо не будет выполнен ни один.