Мне кажется, это тот случай, когда в самом вопросе уже содержится ответ на него. Вы, как несложно заметить, даже немного путаете понятия "сервер" и "PHP", и это наглядный показатель того, насколько часто эти два слова встречаются вместе. В самом деле, на сегодняшний день подавляющее большинство ресурсов работают на PHP, и хотя JS стремительно набирает популярность, острой необходимости в выбрасывании старого доброго PHP и массовом переходе на JS люди не испытывают. И у того, и у другого языка есть свои недостатки, свои достоинства, и та критика PHP, которая была популярна определенное время назад, сейчас во многом неактуальна -- все-таки язык развивается, недостатки исправляются, добавляются новые фичи. К тому же на стороне PHP -- множество разработчиков, популярные и проверенные временем решения (покажите мне достойную альтернативу Wordpress'у на Node), огромное количество унаследованного кода, и возможно, со временем у PHP появится репутация, подобная той, которая есть у Java -- выбор серьезных и уважающих себя корпораций (но это не точно). В любом случае, ожидать вымирания PHP в ближайшем времени не стоит.