zednight

1 Вспомогательные условия помещайте в where, это увеличивает производительность
2 Порядок не принципиален, и если и влияет на производительность, то не на том уровне, чтоб из-за этого переживать
3 Опять же влияние не велико, особенно при сравнении констант, но если условие излишне, его лучше исключить

А еще можно ajax + sphinx и полнотекстовый поиск и базу почти не грузит, но это уже радикальное решение :-)

Вариант 1
Добавьте поле mpath и храните в нем полный путь к от перового родителя до текущего элемента, тогда:
SELECT * FROM comments where mpath like 'id_первого родителя,%' ORDER BY id DESC LIMIT 3;

Вариант 2
На уровне php проанализируйте parent_id и установите первого родителя для всех записей