Владислав

Почему никак?
Выполняем скрипт по хуку, на стороне сервера. Все классы, которые нужны для эффектов, добавляем в игнор лист. В принципе, настроить 1 раз, и нормально все будет.

.pipe(uncss({
            html: ['index.html'],
                ignore: [
                ".fade",
                ".fade.in",
                ".collapse",
                ".collapse.in",
                ".collapsing",
                ".alert-danger",
                ".open",
                "/open+/"
            ]
        }))