Так работает аппаратное ускорение через DirectWrite и растеризатор шрифтов в WPF. Повлиять на него возможности нет, он всегда будет отдавать другие метрики, чем GDI, по причине того, что используется разные методы сглаживания и хинтинга. Единственное решение — подстраиваться, делать вёрстку «более резиновой», не привязываясь к метрикам шрифтов (точнее длинам строк).
PS Также само сайт будет выглядеть в Firefox 4 с включённым ускорением через DirectWrite.
