Не могу подсказать насчёт Cygwin, но при работе с MinGW следует брать GCC не ниже 4.5.1. Именно в нём в проекте mingw-w64 провели большую работу над совместимостью с MSVC. Более детально надо или курить их вики, или пинать разрабов на IRC канале проекта (второе обычно эффективнее).
