Алексей Зуев

Метод define имеет следующий синтаксис:
define( [moduleName,] dependencies, callback)
moduleName - имя модуля (необязательный параметр)
dependencies - массив зависимостей(с другими модулями)
callback - тело модуля, в которое передаются dependencies
А теперь применимо к вашему коду

define('tr-color-switcher', function () {
	$('div').on('mouseover', 'tr', function(){
	    $( this ).addClass( "yellow-row" );
	});

Откуда взять $?

plnkr.co/edit/tbm1ggJgUoLBHtTKMAn7?p=preview

for(i=0;i<opt.rightblocks.length;i++){
	(function(i){
	    require(['./project/Modules/'+opt.rightblocks[i]+'/Start',], function(){
	        console.log(i);
	        classes[i] = block.name;
	        this.addRegion(block.name, '.'+block.name);
	    });
    })(i);
}