После put() будет одна операция + n, где n кол-во индексов затронутые этим изменением. Очень рекомендую с самого начала использовать ndb модели у которых из коробки можно настроить прозрачное кэширование, следить за индексами т.к GAE строит для всех полей индекс что приводит к ситуациям когда индекс на порядок больше по размеру чем данные в БД (исключать все поля по которым не нужно искать), и везде где только возможно использовать асинхронные вызовы к API (не только к БД), это хоть не всегда снизит кол-во вызовов к БД но сильно сэкономит процессорное время.
