Каталоги большими буквами:
Параметры -> Режимы панели файлов -> (выбрать текущий режим, например Средний режим) -> галочка «Показывать папки заглавными буквами».
Остальное, похоже решается только плагинами. Вот только какими?
P.S. У меня настроено перед каталогами выводить префикс "\", перед символическими ссылками префикс "~", это делается через Параметры -> Раскраска файлов и группы сортировки.