Самое простое - полные пути.
Рклоните корневой каталог (родительский для /uploads) и через флаги include или exclude ограничиваете скоуп синхронизации на конкретные папки где лежат файлы.
С "только именами файлов" простого пути нет, поскольку рклон при синхронизации просто конвертирует путь файла относительно текущего каталога в имя объекта в облачном хранилище.
Вариант - писать скрипт, который будет ковырять конкретные файлы, но тогда уж проще будет забросить конкретный файл средствами api конкретного облака. (для aws например через awscli) с указанием конкретного имени объекта.
Не забывайте что rclone это не средство загрузки файлов, а в основном средство синхронизации.