Евгений

надеюсь, вот эта ссылка сможет ответить на ваш вопрос (если кратко - то нет, базовый функционал остался точно таким же, а вот утилиты командной строки привязанные к возможностям\ролям\приложениям сервера - могли измениться)

1. попробуйте запустить апплет панели управления, где редактируется переменная path "от имени администратора"
название исполняемого файла апплета - sysdm.cpl
Вызвать контекстное меню с "от имени администратора" можно или создав ярлык на рабочем столе с названием апплета или
(по идее, начиная с 7-ки, но не всегда поиск работает адекватно) найти в поиске в меню пуск и так же - правой кнопкой.
2. Поиграться с настройкой UAC (конечно же, не в сторону полного отключения, а просто изменения)
3. попробуйте завершить explorer в диспетчере задач и запустить его с административными привилегиями. Это плохой путь, но он тоже работает.
4. используйте в скриптах и исполняемых файлах вашу пользовательскую переменную
%mysql%\mysql.exe

Я с такой проблемой не сталкивался (поскольку редко вообще редактирую path) но насколько я понимаю, проблема вызвана тем, что некое ПО устанавливает эту переменную через реестр и каким-то образом "исправляет" настройки безопасности доступа к указанному Антон ключу.
Возможно, сравнение настроек на ноуте и стационарном компьютере помогут вам разобраться (Хоть я и не уверен в том, насколько вы опытны в редактировании реестра. Лучше ничего лишнего там не править)
Это крайний вариант лезть руками, до этого попробуйте предыдущие советы и обязательно отпишите что вам помогло :D

command.com (cmd.exe) по умолчанию не имеет иконки в трее, сворачивается только на панель задач.
Можно (а вы это вряд ли умеете в нужном объеме,иначе б вопроса не возникло) напрограммить на powershell с использованием .net классов какую-то реализацию, но, это очень странное решение, тем более что есть (гуглятся) решения, умеющие любую программу сворачивать в трей.

powershell
[math]::sqrt(25)
если вам жизненно принципиально запустить именно в cmd то
powershell.exe "[math]::sqrt(25)"

Все математические методы, доступные в PоSh можно получить так

[math].GetMethods() | Select -Property Name -Unique

Powershell
get-help new-service -examples
CMD
C:\WINDOWS\system32\sc.exe create /?
еще
nssm.cc

Как поставить в автозагрузку сервис? поставить ему автоматический запуск.
Какие права будут у сервиса? такие, какие у учетной записи, под которой вы будете его запускать.

"каталог","каталог2" | foreach {Get-ChildItem "<FullPath2WorkFolder>\$_\имя1" -Recurse | where {$_.creationtime -le (get-date).AddMonth(-1)}} | remove-item

Внимание!
Этот однострочник решает задачу только для точно такой же, как в описании автора структуры.
Используя его без переработки вы рискуете удалить совсем не то что нужно :D

Powershell, как обычно

((Invoke-webrequest "put here your URL").content -split "`r")[0] | invoke-expression -command $_

или короче, но тоже powershell
(wget "URL").content -split "`r")[0] | iex $_
добавлю "более лучший" вариант
iex $(((wget "URL").content -split "`r")[0])
Также стоит обратить внимание что в последних кодблоках wget - это алиас для powershell коммандлета а не оригинальная утилита.

contents .txt содержит единый текст для всех файлов или там есть какое то соответствие вида \
"filename1"="текст первого файла"
"filename2"="текст второго файла"
?

ну и по традиции, решение на powershell :D

$data=@{"data"=""}
$data.data=(get-childitem c:\test -directory | where {$_.name.Length -eq 2} | Select @{name='{#LOGNAME}';expression={$_.name}}
$data | convertto-json | out-file c:\test\json.json

это задание? ) вообще, если вы сделаете get-command -module webadministration на сервере в powershell то узнаете много нового.

вариантов - миллион.
самые простые заключаются в использовании функционала планировщика задач, которым вы по расписанию запускаете ваш скрипт.
В стандартном планировщике windows : в параметрах можно настроить "если задача уже выполняется : не запускать новый экземпляр"

Так же, поведение при запуске скрипта можно контролировать проверкой на уже запущенный процесс с данной командной строкой

Или же доработать скрипт, для создания файла блокировки.
P.S. мой ответ по большей части дублирует ответ пользователя Владимир Мартьянов, поэтому, поставлю я ему лайк :D

mkdir 123\456 123\321

У вас за одним компьютером работает не один пользователь?

Зачем вам копировать вообще всё из users если вам нужны только файлы определенного пользователя
Пользуйтесь в командной строке подстановкой %username% (%%username%% в скриптах) и заливайте\забирайте в backup шару по имени пользователя.

Как это было сделано (без использования easy transfer или migration wizard) на одном из моих мест :

на сервере server создан общий ресурс share со следующими правами :
доступ из сети : everyone - full
права NTFS : Everyone - создание папок, запись данных только для этой папки.
права NTFS: Domain Admins - full на папку, подпапки и файлы
права NTFS: Creator-Owner - full на подпапки и файлы.

Скрипт запускался из-под пользователя, забирал содержимое папок c:\users\%username% с фильтром "*,doc","*.docx","*.xls","*.xslx" и так далее, как вздумается.
Создавалась папка \\server\share\%username% - пользователь имеет права на создание папок, благодаря everyone, затем созданная папка благодаря creator-owner доступна только ему и администраторам домена.

При восстановлении опять же использовался тот же стандартный путь \\server\share\%username% - каждый пользователь мог забрать файлы только из своей папки.
Соответственно использовался один и тот же скрипт для миграции любого пользователя, без вариантов, лишних файлов и прочей чепухи.

вам в помощь
странный сайт, однако нормально разъясняют как обрабатывать переменные в bat файлах =)

Как эксперимент. Сможет ли этот скрипт на powershell сделать нужное вам без использования netcat?
текст sendtcpdata.ps1

$Message = '(function(f){f.player.pause() || f.player.resume() || f.play()})(Mu.pages.player.flow);'
$socket = new-object System.Net.Sockets.TcpClient("localhost", 32000)
$data = [System.Text.Encoding]::ASCII.GetBytes($message)
$stream = $socket.GetStream()
$stream.Write($data, 0, $data.Length)

команда для запуска :
powershell.exe -WindowStyle hidden -File c:\scripts\sendtcpdata.ps1 -ExecutionPolicy unrestricted