Виталий

UPDATE emails SET status=1, id=LAST_INSERT_ID(id) order by RAND() LIMIT 1

Потом можно выбрать обновленную запись через SELECT LAST_INSERT_ID() или mysql_last_insert_id()

Скорее всего в конце одного из файлов(первого в конкатенации) не хватает точки с запятой.
А вообще mysql довольно конкретно ругаться должен, т.е. он должен выдать строку/часть строки с неверным синтаксисом.

У нас в БД тоже несколько миллионов записей, причем таких БД больше 10ти, все на одном сервере. Используем delta-индексы
По поводу вашего решения — тут неплохо описано. Похоже, что вам ко всему прочему нужно установить max_iops лимит.

MyISAM для вставок должен быть побыстрее чем InnoDB ( www.opennet.ru/tips/info/1958.shtml )

попробуйте такой метод:

SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 0;
SET UNIQUE_CHECKS = 0;
SET SESSION tx_isolation='READ-UNCOMMITTED';
SET sql_log_bin = 0;
ALTER TABLE pos DISABLE KEYS;

INSERT INTO pos (id, position, url_id, dataset_id) SELECT id, position, url_id, dataset_id from temp_pos;

ALTER TABLE pos ENABLE KEYS;
SET sql_log_bin = 1;
SET UNIQUE_CHECKS = 1;
SET FOREIGN_KEY_CHECKS = 1;
SET SESSION tx_isolation='READ-REPEATABLE';