Кажется я сам разобрался =)
Все дело в наличии табулярной формы, которая как раз имеет data-pjax. Алгоритм получается такой.
Ссылка/кнопка при обработке data-method ищет ближайшую форму, если находит, то применяет все действия к ней, если не находит, создает новую форму.
Меняет action и method для данной формы на установленные соответственно.
Ну а дальше все просто. Спасибо дебагеру хрома.
В итоге, чтобы добиться AJAX поведения для data-method и data-confirm нужно обернуть такую ссылку в форму с установленным data-pjax. Извращение конечно, но пока разработчики ничего лучше не сделали.
