Решил проблему сам:
1. Полез /tmp/pear , там лежат архивы скаченных расширений.
2. Распаковал imagick.tgz
3. Запустил phpize для проверки потом ./configure который выдал мне те же ошибки, но сохранил config.log.
4. Полез читать лог (в который раз убеждаюсь в их полезности) в логе было написано компиляция валится из-за того, что компилятор не может найти stdio.h.
5. Полез в /usr/include - действительно нет файла, но g++ и gcc установлены.
6. Еле нагугли ответ для CentOS. Советуют поставить glibc-headers.
7. yum install glibc-headers
8. pecl install imagick
9. PROFIT!
