Значит мой ответ верный, т.к. проблема в конфигурационном файле и политиках. А в новых версиях этот плагин ставится автоматом при генерации приложения.
utyfua: вначале проверьте БЕЗ этих 2-х строк, а потом, если всё заработает, добавьте их сразу после строки RewriteRule ^([^/.]+)$ sys/$1.php [QSA,L] ниже.
utyfua: может еще какие-другие строки есть в .htaccess ?
Как я делал: я создал один файл .htaccess с этим содержимым в корне www(docroot), файл index.php и папку sys. Затем положил в папку sys файл auth.php
При вызове host.com/auth - открывается auth.php, иначе - index.php из корня www(docroot)
При добавлении других файлов в папку sys - также при их наличии - их "подцепляет" автоматически, иначе - index.php из корня www(docroot).
