Есть универсальный мессенджер
pidgin с открытыми исходниками.
К нему есть плагины для steam-chat, skype, xmpp, icq и куча других
плагинов.
Т.е. возможность интеграции какая-то есть.
По крайней мере всё это с открытыми исходникми, а значит можно самому от туда почерпнуть нужные протоколы.
А десктоп приложение на js можно делать с помощью
Electron 
