Александр

Если соглашаемся, коммитим и делаем опять ctrl+s эффект повторяется?
Если не повторяется, то возможно просто символы окончания строк или формат отступов меняется.
Я бы попробовал сохранить под другим именем и сравнить по размеру и в hex-виде.