Я бы решал это с помощью imagemagick.
convert test.png -crop 10x10+10+10 -repage 10x10 test2.png
(к сожалению сейчас негде протестить) — детальнее
htrd.su/wiki/zhurnal/2012/02/16/imagemagick_vyrezanie_proizvolnoj_oblasti_ozobrazhenija
Со вторым пунктом сложнее, нужно что-то вида -flatten, но тут надо играться, пусть эксперты подскажут
