Теоретически, ничего не должно помешать самбе подняться под винду. Единственная видимая причина неудачи - это конфликт портов. В том что самба умеет конфигурироваться на другой, отлиный от дефолтного, порт - я почти уверен (но надо проверить). Другой вопрос - поймут ли клиенты, что нужно ходить по другому порту. Опять же, теоретически, в uri это предусмотрено, но практически - фиг его знает, кто и как его разбирает.