Aleksandr Kuznetsov

PHP_VALUE сохраняется в fastcgi-воркере до тех пор пока не придёт новое значение
Либо выставляй меньшее значение post_max_size и upload_max_filesize для всего остального сайта, либо заведи второй пул с увеличенными лимитами и используй его только для /administrator урлов

Уж не этот ли баг словлен?

nginx.org/ru/docs/http/ngx_http_map_module.html

map $http_x_requested_with $passvar {
    default http://www.site.ru/user/1/;
    XMLHttpRequest http://www.site.ru/;
}

resolver 127.0.0.1;

server {
 location / {
  proxy_pass $passvar;
 }
}

нужно добавить еще одно условие совпадения для try_files — $uri/

        index index.php index.html index.htm;
        location / {
                try_files $uri $uri/ @rewrite;
        }

        location @rewrite {
                rewrite ^ /index.php?$args;
        }