xSkyFoXx

1) +1 предыдущему оратору;
2) Уровень нормализации данных выбирать только вам как и оценивать ущерб от избыточности.
3) Можете взять MongoDB если испытываете трудности с реляционными БД. Как раз сможете прямо туда положить свой JSON.

Если речь идёт только о ER-диаграммах, мне очень нравится mysql workbench.

Если же Вы хотите транслировать свои модели в БД и/или классы Java/C++, т.е. найти альтернативу Rational Rose, посмотрите в сторону enterprise architect. Хотя для меня он оказался чрезвычайно избыточным и я остановил свой выбор на astah.

Хранить бинарные данные (речь идёт о файлах) в БД считается плохим тоном. Храните метаданные, по которым можно однозначно локейтнуть данные.
Оверхед по селекту данных из БД будет куда больше, чем оверхед от "сходи в базу за метаданными, найти их на ФС".