В основном как правильно заметили разница в адаптированности CMS под восприятие поисковиками. В первую очередь это URL, проблема с генерацией дублей, джумла страшный кошмар в этом плане. Но я лично полтора года продвигал сайт на самописе, который не был заточен под SEO и хлебнул с ним горя. Так что если самопис тестировали в плане seo, то все хорошо, можно его использовать. А так Битрикс на мой взгляд очень хороший вариант, большое кол-во сео модулей под разные нужды, несложны в настройке. Разве что цена кусается по сравнению с другими CMS
