git add --interactive. Все же ненужное затем убирается через git checkout ., который сбросит состояние рабочего каталога в индекс (все, что добавилось через git add, останется).
# добавить новый пустой репозиторий в список remote $ git remote add archive $ARCHIVE_REPO_URL $ git push archive archive_branch $ git branch -d archive_branch # удалить ветку локально (необязательно) $ git push origin :archive_branch # удалить ветку в основном репозитории