Плохо, если у Вас нет свободного места на диске под новую Windows.
В любом случае делайте резервную копию данных. Разделы Linux лучше не трогать (не переносить и не сжимать).
После установки Windows
восстанавливал загрузчик Linux с помощью диска
https://sourceforge.net/projects/boot-repair-cd/files/.
