Разница здесь только одна - когда у вас standalone-приоржение, быстрее и проще поднять приложение на встроенном сервере. Его же потом и поставить на стенде. Если предполагается больше одного приложения или размещать нужно на уже работающем веб-сервере, то нужно собрать war-файл. Впрочем, можно для разработки можно использовать springboot, а собрать потом war-файл для размещения на сервере.
