weirdan

Для ускорения сравнения в случае с предположительно малым общим ядром можно из каждого набора сделать Bloom Filter (для которого можно балансировать точность/потребление памяти). Тогда придется проверять вхождение только для тех элементов, для которых проверка по фильтру вернет «in set».

C exec по простому не получится, поскольку exec вызывает mysql_affected_rows() раньше, чем mysql_store_result() (см github.com/php/php-src/blob/master/ext/pdo_mysql/mysql_driver.c#L256), в то время как документация к libmysql говорит, что в случае, если предыдущий запрос был селектом и mysql_store_result() еще не была вызвана, результатом всегда будет -1 (признак ошибки). Таким образом со стороны сервера остается невычитанный резалтсет (что не дает работать последующим запросам), а mysql_handle_doer() выходит, не доходя до mysql_store_result().

Единственный очевидный способ — пересоздать соединение: $db = null; $db = new PDO(...), поскольку PDO не предоставляет метод disconnect()